Le coup d’état militaire du 9 novembre 1799, installe un nouveau régime, le consulat. Rapidement la réconciliation s’effectue, Bonaparte reconnaît les états pontificaux. Le 14 mars 1800, la nomination d’un nouveau Pape, Pie VII facilite cette phase de dialogue. Des représentants des deux partis se retrouvent à Milan, pour finaliser les termes d’un accord. Joseph Bonaparte (frère du Consul) et le Cardinal Ercole Consalvi coordonnent les débats. Le 15 juillet 1801, le traité est finalisé, puis ratifié par l’ensemble des protagonistes (1801). Dans ce texte :« Le Gouvernement de la République reconnaît que la religion catholique, apostolique et romaine, est la religion de la grande majorité des citoyens français. » dans son article 1er l’état accorde la liberté du culte « La religion catholique, apostolique et romaine, sera librement exercée en France. », par ailleurs il prendra en charge les salaires des ministres du culte. En contrepartie, l’église s’engage à respecter la république, et à ne pas être le flambeau d’une opposition politique. Le culte doit se terminera dès lors par la formule : « Domine, salvam fa Republicam – Domine salvos fac Consules. ».
1801 15 juillet: rétablissement des relations avec l'église de Rome - Concorde du 15 juillet 1801 .
1801 15 août: Bulle Papale ecclesia Christi saluant la réintégration de la France dans le giron de l'Eglise Catholique, Apostolique et Romaine.
Le 8 avril 1802, la loi « relative à l'organisation des Cultes » finalise les déclinaisons de mise en œuvre du concordat, mais les articles organiques n’ont pas été discuté, ils sont imposés à l’église catholique. Ces articles confortent une situation de contrôle du catholicisme par l’état certes avec des contreparties non négligeables pour elle. Malgré les relations tumultueuses de Napoléon avec Pie VII, mise en résidence surveillée du Pape de 1809 à 1812, mais aussi bulle d’excommunication « Quum Memoranda » en juin 1809 de Napoléon par le Pape, ce concordat vivra et sera inconditionnellement appliqué tout au long du 19ème siècle. Cette loi par ailleurs met les cultes protestants (réformé et Augsbourg) sur un pied d’égalité avec le culte catholique, dans les mêmes conditions de reconnaissance et d’exercice sur le sol de France. L’organisation en consistoires locaux et généraux, et synodes est directement intégrée dans ce texte. Les principes même de l’article 10 de la déclaration des droits de l’homme et du citoyen se trouvent ainsi décliné « Nul ne doit être inquiété pour ses opinions, même religieuses, pourvu que leur manifestation ne trouble pas l'ordre public établi par la Loi ». Globalement on peut dire qu’à compter de 1802, il n’y a plus de religion d’état, mais un catholicisme et un protestantisme de l’état français.
1802, 8 avril : Promulgation de la loi relative à l'organisation des cultes (catholique et protestant), modalité du concordat.
1802, 24 mai : Pie VII puis le Cardinal Légat expriment leur désaccord suite à la promulgation de cette dernière loi.
Quels croyants restent-ils à convaincre ? les Israélites.
1804, 22 juin: DECRET qui ordonne la dissolution de plusieurs agrégations ou associations religieuses.
1806, 4 avril: droit de regard sur l'instruction religieuse (catéchisme catholique) dans l'empire.
1810, L'empire valide de nouveau le texte sur la PUISSANCE TEMPORELLE et SPIRITUELLE de l'églisee catholique, retour aux textes de Louis XIV.
1814, 6 avril projet de constitution monarchique.
1814, 29 avril, Lettre apostolique de Pie VII à propos d'un projet de constitution à l'arrivée au pouvoir de Louis XVIII.
1814, 5 octobre Autorisation d'ouverture d'écoles ecclésiastiques.
1816, 8 mai le divorce est de nouveau interdit sur l'ensemble du royaume.
1828, Ordonnance Royale du 27 août définissant les modalités de relation de l'église catholique de Guyane avec le gouvernement français.
1832, 15 août, Encyclique Papale contre la Raison et la Libre pensée, Grégoire XVI.
Deux discours de Lamartine, pour le relâchement des liens qui unissent l'Eglise et l'Etat et une neutralité totale de l'état face aux cultes, premier discours 24 mars 1837, second discours 13 mai 1845.
1843, octobre 11, Exemple de pression récurrente sous la restauration ou la monarchie de juillet, courrier public de la part d’un responsable catholique « Archevêque de Lyon » vers un Recteur d’Académie.
1850 au nom de la "liberté" d'enseignement la loi falloux autorise l'ouverture des écoles libres, les autorités religieuses ont un droit de regard sur les enseignements, l'évêque et quelques ecclésiastiques sont membres du conseil académiques.
Discours de Victor Hugo lors des débats autour de la loi Falloux à l'assemblée.Discours de victor hugo 1850
1864, dans son Syllabus du 8 décembre, le Pape Pie IX prend position contre la sécularisation progressive des sociétés, Le titre français complet du Syllabus est « Recueil renfermant les principales erreurs de notre temps qui sont signalées dans les allocutions consistoriales, encycliques et autres lettres apostoliques de Notre Très Saint-Père le pape Pie IX ». Ce Syllabus est un complément explicatif à l'encyclique Qanta Cura.
1870, le Second Empire s'effondre, la troisième République et proclamée, ce qui entraine par un effet dominos la chute des états Pontificaux, l'Italie est unifiée.
1871, 2 avril, deuxième expérience de séparation, La Commune se sépare des églises
1874, 3 juin, Loi d’organisation du service religieux dans l’armée de terre, création de la fonction d'aumonier militaire.
1881, Le 29 juillet le Président Jules Grévy, valide la Loi sur la Liberté de la Presse, l'article 68 abroge les lois antérieures relatives "à la liberté d'expression", elle abroge par ce fait le délit de blasphème.
1881, 14 novembre, loi dite sur la neutralité des cimetières (les cimetières deviennent communaux, un partage peut être mis en place pour les différents cultes).
1878, Léon XIII devient pape, il est modéré dans ses relations avec la République Française, il publie de nombreuses encycliques dont "Rerum Novarum" 15 mai 1891, au caractère social mais aussi "au milieu des sollicitudes" le 16 février 1892, où il invite les Français à composer avec les institutions républicaines.
1894 à 1902, Affaire Dreyfus, positions des mouvements cléricaux, analyse des articles des journaux "La Croix" ou "l'univers" :
- - 22 décembre 1894, fin du procès d'Alfred Dreyfus, le 24 décembre le journal "La Croix", expose largement son point de vue (extrêmement antisémite), "L'Univers" relate le jugement avec les mêmes préjugés.
- - 13 janvier 1898, le journal l'Aurore publie l'article d'Emile Zola : "j'accuse", le 15 janvier opposition très vive dans le journal la Croix.
- - 29 septembre 1902, Emile Zola meurt dans son domicile parisien. Les conservateurs critiquent largement son oeuvre et ses positions.
- - 15 juillet 1906, article du journal la Croix sur la décision de la Cour de cassation: annulant les décision du procès de Rennes et actant la réhabilitation de Dreyfus.
1901 à 1905, Période de très fortes tensions entre la France et le Vatican. 3 sujets de franches oppositions se font jour :
- la fermeture d'écoles congréganistes, exemples de courrier relatif à ces fermetures, .
- Le voyage du président de la République Emile Loubet à Rome.
- La nomination des évêques de France.
1901, loi du 1er juillet relative au contrat d'association. Cette loi définit dans les articles 13 à 18, le régime d'exception autorisant certaines congrégations à rester ouvertes. De cette loi, des décisions de fermeture seront prises, la loi Waldeck-Rousseau sur les associations soumet l'existence des congrégations à une demande d'autorisation.
Avril 1903, expulsion des Chartreux.

Mai, juin 1903, expulsion des Prémontrés à Nantes : article de la Croix relative à la manifestation violente de soutien de la population catholique de Nantes.

1904, le 7 juillet, Emile Loubet président de la République sous les conseils d'Emile Combes promulgue une loi relative à la suppression de l'enseignement congréganiste.